- 设计独特性受限：由于模板建站的框架和样式是由第三方预先设定的，即使提供了多种模板供选择，不同用户选用同一模板的情况下，可能会造成网站风格雷同，缺乏足够的独特性和辨识度，不利于塑造品牌特色和提升品牌形象。
- 扩展性和灵活性不足：模板建站往往无法满足复杂的个性化需求，特别是当企业的业务发展需要增加新的功能模块或大幅度修改网站结构时，模板可能无法提供足够的支持。部分高级定制功能可能需要额外付费或者根本无法实现。
- SEO优化难度加大：虽然很多模板建站平台会考虑SEO优化的需求，但由于模板的通用性，可能会导致网站代码冗余、结构相似度过高等问题，这在一定程度上增加了搜索引擎优化的难度。
- 数据迁移和二次开发困难：如果未来企业决定脱离模板建站平台，转向自主开发或其它服务提供商，数据迁移和二次开发的成本可能会较高，因为模板建站的数据结构和源码往往不易于移植和重构。